Au moment de la révision de ses Lignes directrices concernant la recherche sur des sujets humains, le Conseil de recherches médicales du Canada (CRM) a conclu qu'un système d'examen éthique fondé sur l'exécution d'examens autonomes par les comités d'éthique pour la recherche (CER) locaux exigeait un soutien permanent et des échanges d'informations. À la demande du CRM et avec des subventions du CRM et de Santé Canada, le Collège royal des médecins et chirurgiens du Canada a donc mis sur pied le Conseil national d'éthique en recherche chez l'humain en 1989. Le Collège royal a accepté cette responsabilité parce que la plupart des recherches cliniques effectuées au Canada le sont par des spécialistes agréés par lui, et parce qu'il procédait déjà à l’agrément des programmes des facultés de médecine.
En 1995, le mandat du Conseil a été élargi afin d’englober l’ensemble de la recherche chez l’humain, toutes disciplines confondues. Le nom du Conseil a été changé à Conseil national d'éthique en recherche chez l'humain (CNERH) afin de mieux refléter l’étendue de son nouveau mandat. Le Conseil national d’éthique en recherche chez l’humain est incorporé en tant qu’organisation à but non lucratif.